Pokemon Mundo misterioso, exploradores del tiempo/oscuridad

Despiertas por los gritos de un Pokémon, que te ha encontrado tirado en una playa, y descubres que te has convertido en un Pokémon. Desconcertado por los hechos y sin saber el motivo de tu transformación, decides hacerte amigo de ese Pokémon que acabas de conocer y del que no te separarás durante el resto de la historia.

Después de ayudarle a recuperar el amuleto que le acaban de robar, el Pokémon, te propone formar junto a él un equipo de exploración Pokémon. Para ello te diriges al Pokégremio, lugar donde se entrenan y organizan los equipos de exploración, donde te aceptan y empiezas a participar en misiones de rescate por los diferentes territorios mientras intentas descubrir qué ocurrió para que te convirtieras en Pokémon.

Descubrirás que hay un Pokémon que ha vuelto al pasado para robar los engranajes del tiempo, para que el tiempo se detenga y el mundo quede sumido en una eterna oscuridad. Y tú serás el encargado de detenerle.

Tras gana la batalla contra el supuesto enemigo final y ver los créditos el juego continuará, si bien la primera parte trata del descontrol del tiempo la segunda trata de la distorsión del espacio, con un final inesperado que acabara por desvelar la verdadera razón por la cual el tiempo estaba descontrolado y porque te convertiste en un Pokemon.